Введение игры рассказывает о событиях, произошедших до этого: в древние времена, Земля была вовлечена в конфликт между Менталом и Сирианцами, инопланетной расой, оставившей множество артефактов, впоследствии найденных землянами. В 22 веке армии Ментала вернулись на Землю, чтобы истребить человечество. Последней возможностью выжить для землян стал артефакт Ключ Времени (Time Lock), способный отправить назад во вечности одного человека, который мог победить Ментала и изменить ход истории. Благодаря своей храбрости в боях с монстрами, Сэм «Крутой» Стоун был избран на отправление в прошлое. В начале игры, Сэм появляется в древнем Египте, и путешествует от одного древнего монумента к другим, по пути беспрестанно сражаясь с монстрами, посланными следом за ним Менталом. Во время путешествия, Сэм активирует скрытый коммуникатор Сирианцев в Луксоре, который вызывает на Землю космический корабль из глубин космоса. Сэм продвигается к Великой Пирамиде для контакта с кораблем, и, после невероятной битвы с генералом Ментала Угх-Заном Третьим (Ugh Zan III), он попадает на корабль Сирианцев...